Nach dem stark verminderten Zugang junger Aussiedler wird das Wohnheim St. Michael seit 1991 von einer Jugendwohngemeinschaft berufstätiger behinderter und nicht behinderter junger Menschen ("Brücke-Krücke") genutzt.
1991 übernahm Harry Wolff die Geschäftsführung.
1992 verstärkte sich nach der deutschen Vereinigung ein Zustrom von Auszubildenden aus den neuen Bundesländern, die überwiegend im Jugendwohnheim St. Hermann-Josef untergebracht wurden und in Bonn ihre Ausbildung erhalten.
Seit 1993 wurde im Jugendwohnen St. Sebastian und seit 1995 auch in St. Hermann-Josef mit der Aufnahme von Jugendlichen im Rahmen der "Hilfe zur Erziehung" über die kommunalen Jugendämter mit deutlich erhöhtem pädagogischen Personalschlüssel und der Vereinbarung von Sonderpflegesätzen begonnen. Damit verbunden ist auch der Beginn des sozialpädagogisch betreuten Wohnens und der Ambulanten Betreuung in Wohnappartements außerhalb der Einrichtungen.
Eine weitere Veränderung der sozialpädagogischen Arbeitsansätze brachte die 1994 zunächst im Jugendzentrum St. Cassius eingerichtete "Übermittagsbetreuung" für Kinder im Grundschulalter. Später erfolgte eine Übermittagsbetreuung für Grundschulkinder auch im Kinder- und Jugendzentrum St. Martin.
1996 konnte der Verein sein 50 jähriges Bestehen feiern.
Nach dem Tode von Dr. Otto Emrich 1998, der über 22 Jahre den Vorsitz inne hatte, übernahm Diplom-Kaufmann Hans Mersmann den Vorsitz des Vereins.
Im Mai 2000 wurde durch die Umgestaltung und Modernisierung des ehemaligen Küchen- und Speiseraumtraktes im Jugendwohnen St. Hermann-Josef eine Tagesgruppe gemäß § 32 SGB VIII als teilstationäres Angebot der "Erziehungshilfe" für neun Kinder eingerichtet.
Im Jugendwohnen St. Sebastian wurde im Herbst 2000 eine intensiv sozialpädagogisch betreute Jugendwohngruppe mit zunächst sechs Plätzen, später neun Plätzen eingerichtet. Hier werden die Jugendlichen in intensiver Betreuung einfühlsam auf die Selbständigkeit vorbereitet und die individuellen Probleme professionell aufgearbeitet.
Am 17. November 2000 feierte das Kinder- und Jugendzentrum St. Cassius das 40-jährige Bestehen. Frau Oberbürgermeisterin Bärbel Dieckmann beglückwünschte die Einrichtung und die Heimstatt e.V. Bonn für die jahrzehntelange hervorragende Arbeit. Der Name St. Cassius ist ein positiv besetzter Begriff in der Jugendhilfe in Bonn.
Zum 1. Juli 2001 erfolgte der Übergang der Trägerschaft für das Jugendgemeinschaftswerk Bonn, Kölnstr. 6, 53111 Bonn wieder zur Heimstatt e.V. Bonn. Ende der 50er Jahre wurde die Einrichtung durch die Heimstatt e.V. Bonn gegründet, ging aber zum Ende der 60er Jahre in eine überörtliche Trägerschaft im Bereich des Erzbistums Köln über. Durch eine wiedereinsetzende Regionalisierung erfolgte wieder die (Wieder-) Angliederung an die örtlichen Trägerstrukturen.
Das Jugendgemeinschaftswerk ist eine Beratungs- und Betreuungsstelle insbesondere für junge Migranten. Am 1. März 2002 wurde das Jugendbüro Buschdorf des Jugendgemeinschaftswerkes eröffnet. Hier erfolgt neben der Kölnstraße 6 seitdem eine gruppengemäße Betreuung und Beratung junger Migranten und es werden auch stadtteilorientierte Angebote entwickelt.
Im gleichen Jahr beginnt in Zusammenarbeit des Jugendgemeinschaftswerkes mit drei weiteren Trägern im Kooperationsprojekt Straßensozialarbeit. Eine Stelle im Kooperationsprojekt ist insbesondere mit der Arbeit mit russischsprechenden ausgegrenzten oder von Ausgrenzung bedrohten Jugendlichen befasst.
Im Jahr 2004 wurden die Jugendgemeinschaftswerke auf Bundesebene in Jugendmigrationsdienst umbenannt.
Ab 1. Januar 2003 erhielt der Verein aufgrund politischer Vorgaben erstmals keine Förderung aus Landesjugendplanmitteln für die pädagogischen Fachkräfte in Jugendwohnheimen mehr. Das begleitete Jugendwohnen hat seit dieser Zeit keine ausreichende Förderungsmöglichkeit mehr.
Im Mai 2003 eröffnet im Jugendwohnen St. Hermann-Josef eine sozialtherapeutische Intensivgruppe mit 8 Plätzen (ab 2006 11 Plätze).
Im Februar 2004 endet der letzte Sprach-Intensivkurs für junge Spätaussiedler (aus den Nachfolgestaaten der Sowjetunion) im Jugendwohnen St. Sebastian. Damit endet mit dem Begleiteten Wohnen (§ 13, 3 SGB VIII) ein langjähriger Arbeitsschwerpunkt für die Heimstatt e.V. Bonn insgesamt.
In beiden Jugendwohneinrichtungen steht seitdem der Schwerpunkt der Hilfen zur Erziehung (§§ 34 ff SGB VIII) nahezu vollständig im Vordergrund.
Im Jahr 2005 übernimmt das Kinder- und Jugendzentrum St. Martin, Bonn-Duisdorf die Räumlichkeiten der ehemaligen Seniorenbegegnungsstätte des Deutschen Roten Kreuzes für die Zwecke von mittlerweile mehr als 50 Kindern der Übermittagsbetreuung.
Am 31. Juli 2006 endet dann in beiden Jugendfreizeiteinrichtungen (St. Cassius und St. Martin) die Übermittagsbetreuungen für Grundschulkinder wegen des Beginns der Offenen Ganztagsgrundschule. Die freien Kapazitäten werden für den Erhalt und Ausbau von Betreuungsangeboten für Schüler/innen der Sekundarstufe 1 von weiterführenden Schulen genutzt.
Bereits 2005 beginnt in St. Sebastian das Projekt für bis zu 10 schuldistanzierte Mädchen (MUT = Mädchen-Unterricht-Training). Das Projekt erfährt eine hohe Aufmerksamkeit in der Fachöffentlichkeit und für eine dreijährige Übergangszeit eine zusätzliche Förderung aus Stiftungsmitteln der Aktion Mensch.
Am 31. August 2007 feiert das Jugendwohnen St. Hermann-Josef sein 50jähriges Bestehen mit einem Sommerfest und einer Festschrift zur Geschichte und zu den derzeitigen Aufgaben der Einrichtung (download möglich unter St. Hermann-Josef).
Zum Beginn des Jahres 2008 erweitern die Jugendwohneinrichtungen St. Hermann-Josef, Bonn und St. Sebastian, Königswinter-Oberdollendorf ihre Angebote um Sozialpädagogische Familienhilfe (SPFH), Anti-Aggressivitäts-Training, CoolnessTraining. Ambulantes Clearing und Erlebnispädagogische Einzelfallhilfen.
2008 beginnt ausgehend vom Jugendmigrationsdienst Bonn das Projekt Mikado, ein Modellprojekt zur Berufsorientierung für junge Menschen mit Migrationshintergrund. Das Jugendzentrum St. Cassius feiert 2010 sein 50jähriges Bestehen.
Insgesamt rund 75 Mitarbeiter/innen arbeiten 2010 in den Einrichtungen und Diensten der Heimstatt e. V. Bonn.
